Wiiのコントローラー

Wiiリモコン(「Wiiリモコンジャケット」同梱)

Bluetooth(短距離無線通信)による無線接続のWiiの標準コントローラである。従来のゲーム機で多く採用されていた、両手で包むように持つ横長のコントローラとは異なり、片手で持てる縦長のデザインである（ただし、横にして両手で持ち、従来のコントローラのような操作をすることも可能）。
テレビリモコンのような形をしているため、コントローラという名称ではなく"Wiiリモコン"と言う呼び名を採用している。

ヌンチャク

コントロールスティック・Cボタン・Zボタン・3軸加速度センサーが実装されている拡張コントローラである。Wiiリモコンと組み合わせて使用することによって、より高度なゲームプレイに対応できる。
「コントロールスティックで敵の攻撃を避けつつ動いている敵に銃の照準を合わせる」「両手にWiiリモコンとこのヌンチャクを併せ持ち2本の剣を別々に振る」などの一連の操作を、従来より直感的かつリアルな感覚で楽しむことができ、「操作が直感的で誰もが同じスタートラインでゲームを楽しめること」と「従来のゲームもまったく新しい感覚で操作できること」を一度に実現させている形態である。

Wiiハンドル

自動車のハンドルを模したアタッチメント。Wiiリモコンを横持ちの状態で取り付けて使用する。単体販売は2008年4月10日から。
側面にはWiiリモコンのポインティング機能を妨げないための穴、背面にはストラップを出すための穴と押しやすくされたBボタンがある。

クラシックコントローラ

バーチャルコンソールなどで用いられる横持ちの拡張コントローラである。クラコンと略されることがある。
形状がスーパーファミコンのコントローラと似ているが、ケーブルが下方から出ている点が異なる。ボタンの数はスーパーファミコンのものより多く、アナログスティックがデュアルショックに近い配置で2基搭載されている。
LRボタンは、ニンテンドーゲームキューブのコントローラー同様にアナログ入力が可能。ZL、ZRボタンはL、Rボタンと縦（上下）ではなく、横（内側）に並んでいる。
また、振動モーターは内蔵されていないため、振動機能（バーチャルコンソールのNINTENDO64ソフト含む）には対応していない。
このコントローラは、主にバーチャルコンソールのソフトをプレイする際などに用いられるが、クラシックコントローラ対応のWii専用ゲームソフトでも利用可能である。Wiiメニュー自体もクラシックコントローラに対応している。